Mit der nationalsozialistischen Revolution und der Machtergreifung Hitlers im Jahre 1933 beginnt auch in unserer Gemeinde ein besonderes Kapitel. Im Sommer 1934 lehnte das Waldbröler Presbyterium den vom nationalsozialistischen Reichsbischof vorgelegten Entwurf einer Kirchennotordnung ab. In Waldbröl bildet sich eine bekennende Gemeinde, der beide Pfarrer beitraten. Im Herbst 1934, nach der Bekenntnissynode von Berlin-Dahlem beschloss das Presbyterium offiziell den Beitritt der Gemeinde zur Bekennenden Kirche.
Zur Aufklärung der Gemeinde über die wahre Lage beauftragte es 1935 Daniel Schäfer 
mit einer Evangelisation, die sehr stark besucht war. Das Gesamtthema hieß: "Es gilt ein offenes Bekenntnis zu Jesus Christus, dem einzigen Herrn der Kirche".
Große Erregung rief 1936 in der Gemeinde die Verhaftung von Pfarrer Kruse hervor, der in einer Sitzung des Presbyteriums in klarer, wenn auch scharfer Weise gegen die " verlogene Dialektik der Partei und des Staates" Stellung genommen hatte und bei der folgenden Vernehmung durch den Ortsgruppenleiter der NSDAP nichts davon zurückzunehmen bereit war. Er wurde zu neun Wochen Gefängnis verurteilt, die durch die vorhergehende Untersuchungshaft bereits verbüßt waren. 1938 hat Pfarrer Kruse dann die Gemeinde Waldbröl verlassen und ist einem Ruf in die Leitung des Adelbert-Diakonissen-Mutterhauses Kraschnitz in Schlesien gefolgt.
Zu seiner Vertretung wurde am 21. April 1938 von der Leitung der Bekennenden Kirche Hilfsprediger Hermann Günther aus Düsseldorf geschickt. Pastor Günther wurde bei einem Verhör durch die Geheime Staatspolizei die Auflage gemacht, keine Bibelstunden mehr in Privathäusern zu halten, von dieser Auflage aber keinem etwas zu erzählen. Um seines Ordinationsgelübdes willen wies er dies Ansinnen freilich zurückweisen. Es stand damals fast alles unter Aufsicht: Predigt, Unterricht, Bibelstunden, Kindergärten, Jugendarbeit sowie vieles andere, und an Denunziationen hat es nicht gefehlt. Die kirchliche Arbeit konnte trotzdem und mit Hilfe mancher kirchlich gesinnten Beamten leidlich durchgehalten werden konnte. Da Pastor Günther wegen seiner Einstellung im Kirchenkampf zusammen mit vielen anderen vom damaligen Kirchenregiment aus der Liste der Pfarramtskandidaten gestrichen war, wurde seine Wahl zum Pfarrer der Gemeinde (Oktober 1939) zunächst nicht durch das Konsistorium bestätigt. Die Bestätigung erfolgte erst, als das Ende des Krieges abzusehen war.
Am 12. September 1943 wurde er während eines Fronturlaubes - seit April 1940 war er zum Militärdienst eingezogen und stand als Offizier im Felde - durch seinen Amtsbruder Pastor Meiswinkel eingeführt, der damals gleichzeitig Superintendent der Aggersynode war. Erst im September 1945 kehrte Pastor Günther aus amerikanischer Kriegsgefangenschaft in die Gemeinde zurück.
Ein besonderes Waldbröler Kapitel ist der geplante Bau einer sogenannten Adolf-Hitler-Schule gewesen, in den unsere Kirche verwickelt war. Wer heute auf der Höhe zwischen Wilhelmstal und der Löher Siedlung spazieren geht, sieht noch immer die lange hohe Mauer und durch große Erdbewegungen entstandenes Ödland.
Hier sollte eine der großen Schulungsstätten der NSDAP geschaffen werden. Dazu brauchte man viel Land, besonders aus dem Besitz der Evangelischen Kirchengemeinde. Obwohl das Presbyterium sich gegen einen Landverkauf wehrte, wurde mit der Abholzung von Kirchenwald und mit dem Bau einer Zufahrtsstraße unter Benutzung eines Teiles des oberen Pfarrgrundstückes begonnen. Für das Presbyterium versuchte Kirchmeister Eduard Reitmeister dreieinhalb Jahre lang vergeblich, sich gegen den Zwangsaufkauf zu wehren. Dieser Tatsache ist es zu danken, dass nach dem Kriege, wenn auch nach langen und schwierigen Verhandlungen, die Rückgabe des Geländes erfolgte.
Während der Jahre 1940 -1945 hat Pastor Meiswinkel die große Gemeinde im wesentlichen allein betreut. Oft mußte er die Todesnachricht über gefallene Söhne, Männer oder Väter in die Häuser bringen. Die Bedrohung durch feindliche Flieger nahm zu. Im Luftschutzkeller von Eduard Reitmeister fanden in dieser Zeit monatelang täglich Gebetsstunden statt. Auch der kirchliche Unterricht wurde dorthin verlegt.
Seit dem 28. März 1945 lag Waldbröl mehrfach unter Artilleriebeschuss. Auch die Kirche wurde so beschädigt, dass der Gottesdienst mehrere Wochen lang in der katholischen Kirche stattfand, die dankenswerterweise dazu überlassen wurde. Auch an anderen kirchlichen Gebäuden entstand Schaden. Bei den Kämpfen gab es eine ganze Reihe Tote unter Soldaten und Einwohnern.
